三叉神经痛的病因尚未明了，周围学说认为病变位于半月神经节到脑桥之间，是由于多种原因引起的压迫所致。

　　中枢学说认为三叉神经痛为一种感觉性癫痫样发作，异常放电部位，可能在三叉神经脊束核和脑干。

　　有少数三叉神经疼痛患者因为情绪和心情上放不开，整天眉头紧锁，为可能要到来的头痛提心吊胆，结果是造成自己心情烦躁，而导致疼痛发作。

　　在同样疼痛刺激作用下，情绪镇静者比情绪紧张者对疼的感觉要小，疼痛反应轻。

　　在面部都有一个或多个特别敏感的触发点，稍不注意就会触动引发疼痛，并放射到全身，因此，这也是导致三叉神经疼痛的原因。

　　神经是燃烧及消耗糖的组织，若缺乏维生素会引起乳酸堆积侵入脑部，毒化中枢神经系统，使脑组织消耗氧的能力减弱，以至引起暂时性的痉挛，这也是三叉神经疼痛的原因。